Včely a jejich zásoby mohou napadat roztoči, zavíječi, hlodavci i další živočichové. Někteří škůdci poškozují plásty, jiní oslabují přímo včelstvo. Prevence zahrnuje hygienu, správné skladování souší a zabezpečení úlů. Způsob ochrany se volí podle konkrétního druhu škůdce.