Mikrobiom včel tvoří společenství mikroorganismů žijících především v jejich trávicím traktu. Podílí se na trávení, obranyschopnosti a celkové kondici včel. Jeho složení ovlivňuje potrava, prostředí i některé léčebné zásahy. Výzkum mikrobiomu přináší nové poznatky o zdraví včelstev.